Les virus responsables de gastro-entérites

2 .Les virus responsables de gastro-entérites

 2.1 Les rotavirus

• Classification

Les rotavirus apartiennent à la famille desReoviridae,ils forment le genreRotavirus. On distingue 7 groupes A à G. sans communauté antigénique (protéine VP6). Seuls,les groupes A (surtout), B et Csont impliqués dans des infections humaines et animales. Différentiation en sérotypes (deux protéines externes VP7 et VP4).

Classification desReoviridaeet du genre Rotavirus

• Caractéristiques virologiques
       * Morphologie
  
  

Virus non enveloppés. Diamètre : 70 nm. Capside : icosaédrique en forme de roue (d’où son nom « rota »). Particules de rotavirus en microscope électronique en coloration négative (x 198000) (Cliché : collection du Pr. M. Castets, service de microscopie électronique (Pr. Ph. Rabin) CHU de Poitiers, France)

• 
      * Le génome

  11 segmentsd’ARN bicaténaires.
  Modifications du génome :réassortimentde segments entre différentes souches d’un même groupe ou réarrangement des séquences d’un même segment.

      * Les protéines et caractères antigéniques

  Ces 11 segments du génome codent6 protéines structurales(VP1 à 6) et6 protéines non-structurales(NSP1 à 5).

      * Les protéines structurales - VP1 à VP7 - s’organisent en 3 couches entourant le génome.

- Capside externeconstituée de :

• la glycoprotéineVP7 : antigène majeur de neutralisation, déterminent 14 sérotypes G dont seulement 10 infectent l’homme, G1 à G10 ; ces sérotypes correspondent à autant de génotypes.
• la protéineVP4(spicules : attachement du virus aux cellules, neutralisation, virulence) détermine 13 sérotypes dont 9 infectent l’homme). Il n’y a pas de concordance entre sérotypes et génotypes. La majorité des souches humaines sont de sérotype 1A et 1B (respectivement génotypes P[8] et P[4]).

-Capside intermédiaireconstituée par la seuleprotéine VP6(antigènes de groupe et de sous-groupe, protéine majeure du virion).

-Capside interne oucore : 1 protéine majoritaireVP2, 2 protéines minoritairesVP1etVP3. Ces trois protéines du core permettent latranscriptionet laréplication.

Les protéines non structurales – NSP1 à NSP6 - apparaissent durant le cycle de multiplication, elles ne sont pas présentes dans le virus mature. NSP4 rôle important dans le mécanisme de la diarrhée.

Structure du rotavirus : (a) Les 11 segments d’ARN double brins sont séparés en fonction de leur poids moléculaire sur gel de polyacrylamide. Les protéines correspondant à ces segments sont indiquées sur la droite. (b) Schéma simplifié de la particule virale. Les sérotypes et génotypes G et P les plus fréquents sont indiqués.

• Variabilité génétique et antigénique

Les rotavirus présentent une très grande diversité génétique et antigénique :
Les souches les plus courantes en Europe et aux USA sont : G1P[8]; G2P[4]; G4P[8] ; G3P[8] et G9P[8].
D’autres souches sont observées dans certains pays : P[8];G5 au Brésil; P[8];G8 en Afrique et P[11];G10 ou P[4]/P[6];G12 en inde.

Comparaison des distributions des génotypes de rotavirus entre l’Europe et l’Afrique

Mécanismes de cette diversité génétique :

• Les arrangements génétiques sont fréquents mais ont peu d’impacts sur l’épidémiologie.
• Les mutations peuvent entraîner une dérive génétique avec pour conséqunce l’apparition de mutants d’échappement voire de souches épidémiques.
• Réassortiments entre génomes humains et entre génomes de différentes espèces. Ils sont à l’origine de l’emergence de nouveaux génotypes humains comme par exemple les rotavirus G9.

Réassortiments entre rotavirus d’espèces différentes aboutissant à l’émergence d’une nouvelle souche. Ces échanges sont favorisés par les infections mixtes.

http://www.microbe-edu.org/etudiant/gastro-enterites.html